边境牧羊犬的颜色分类是比较多的，约有12种颜色，分别是：黑白色、咖啡色、蓝白色、丁香色、黄白色、三色黑白边、三色咖啡边、三色丁香边、黑陨石色、红陨石色、丁香陨石色、马鞍色的边境牧羊犬。
因为小狗从母亲继承一半DNA，另一半来自父亲。狗的表现型取决于从父母那里继承而来的DNA的组合，而DNA的组合是无穷无尽的，所以每一只小狗都是独一无二的。在边境牧羊犬身上，很多基因相互作用形成不同的颜色组合，所以自然也会有这么多的颜色。
那最普通的颜色就是黑色带（或不带）白筋、白围脖、白袜子、白尾尖，带（或不带）褐色斑纹。身体出现各种不同的颜色都是允许的，惟独全白色是例外。单色、双色、三色与传统的颜色在比赛中应该一视同仁。颜色和斑纹在比赛中为次要指标，身体结构和步态才是主要指标。
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